【2026年最新】Shopifyの手数料は高い?結局いくらかかるのか費用内訳と料金プランを徹底解説
投稿日:2026.3.7
更新日:2026.3.7
Shopifyの導入を検討されている方の中でも「Shopifyの手数料は高いと聞くけれど、結局いくらかかるのか知りたい」という疑問や悩みを抱えている方も多いのではないでしょうか。
この記事は、初めてECサイトを立ち上げる個人事業主の方や、他社カートからShopifyへの移行を検討している小規模・中規模のEC事業者の方に向けて、Shopifyの手数料の全体像をわかりやすくシンプルに解説します。
結論から申し上げますと、Shopifyの費用内訳を正しく理解し、Shopify Paymentsという機能を活用すれば、コストパフォーマンスは非常に高く、手数料を最小限に抑えながら売上を伸ばしていくことが可能です。
専門用語はできるだけ噛み砕いてお伝えしますので、ぜひ最後までお読みください。
Shopifyで結局いくらかかる?手数料の全体像と費用内訳(定義・前提)

Shopifyの導入費用(初期費用)は無料
Shopifyを使い始める際に、最初にかかる登録料やアカウント開設費用などの導入費用は一切かかりません。
無料でアカウントを作成し、設定を始めることができます。
ECサイトを構築するための初期費用が無料であることは、スモールビジネスを始める事業者にとって非常に大きなメリットと言えます。
必ずかかる「月額料金」と「決済手数料」の違い
Shopifyを運用していく上で必ず発生するコストは、大きく分けて二つあります。
1つ目は、Shopifyのシステムを利用するための家賃のようなものである月額料金です。
2つ目は、お客様が商品を購入してクレジットカードなどで支払いをした際に発生する決済手数料です。
月額料金と決済手数料の違いを知りたいという声は多いですが、月額料金は売上に関わらず固定でかかるランニングコストであり、決済手数料は売上に応じて変動するコストであると覚えておいてください。
Shopifyに「販売手数料」はないって本当?
国内のモール型ECサイトや一部のカートシステムでは、商品が売れるたびに売上に対して販売手数料が数パーセント引かれることが一般的です。
しかし、Shopifyには販売手数料という概念がありません。
つまり、どれだけ商品が売れても、Shopify側に支払う販売手数料はゼロ円です。
これが、Shopifyは売上が伸びるほど利益率が高くなると言われる最大の理由です。
オプションで発生する維持費(アプリ利用料やテーマ購入費)
基本の月額料金と決済手数料に加えて、ECサイトの機能を拡張するためにアプリを導入したり、デザイン性の高い有料テーマを購入したりする場合には、別途オプション費用が発生します。
特にアプリは月額課金のものが多いため、便利だからとあれもこれも導入してしまうと、気づかないうちにShopifyの維持費が膨らんでしまうことがあります。
実務の現場でも、不要なアプリを見直すだけでランニングコストを大幅に削減できた事例は少なくありません。
コストの全体像を一度で把握したい方へ(基本構造の図解)
コストの全体像を一度で把握したい方のためにシンプルにまとめると、Shopifyの基本構造は、
- 月額料金
- 決済手数料
- 必要に応じたアプリ・テーマ費用
という三つの要素で成り立っています。
この三つの費用内訳をしっかり押さえておけば、Shopifyのランニングコストはどれくらいなのか、自社の予算に合わせてシミュレーションすることが容易になります。
Shopifyの月額料金とプラン別の維持費・ランニングコスト

最も低価格な「Starter(スターター)プラン」の月額いくら?
Shopifyには複数のプランが用意されていますが、最も手軽に始められるのがスタータープランです。
月額料金は5ドル(1ドル130円計算で、日本円で650円)と非常に低価格ですが、本格的なオンラインストアを構築する機能はなく、SNSやメッセージアプリ経由で商品を販売することに特化したプランです。そのため、ECサイトをしっかり作り込みたい方には一つ上のベーシックプランをおすすめしています。
個人事業主・小規模事業者向け「ベーシックプラン」
初めて本格的なECサイトを構築する個人事業主や小規模事業者の方に最もおすすめなのがベーシックプランです。
月額料金は33ドル(日本円で約4,290円)で、オンラインストアの構築や商品管理など、ECサイト運営に必要な基本機能がすべて揃っています。
まずはこのベーシックプランからスタートし、売上の拡大とともにプランを見直していく方法をとっているという事業者さまの話も多く伺います。
中規模ECサイト向け「スタンダードプラン」
月商が数百万円規模に成長し、より詳細な分析レポート機能やスタッフアカウントの追加が必要になった場合に選ばれるのが、月額92ドル(日本円で約11,960円)のスタンダードプランです。
あとで詳しく説明しますが、このプランにアップグレードすると、決済手数料や外部決済の追加手数料が安くなるため、売上規模によってはベーシックプランよりもトータルコストが安くなる、もっというと損益分岐点が低くなるといったことも考えられます。
大規模ECサイト向け「プレミアムプラン」
さらに事業が拡大し、高度なレポート機能や多数のスタッフアカウントが必要な大規模ECサイト向けのプランが、月額399ドル(日本円で約51,870円)のプレミアムプランです。
このプランは各種手数料が最も低く設定されているため、取引件数が非常に多い大規模なストアにおいて、コストメリットを最大限に発揮できるプランとなります。
大企業・BtoB・越境EC向け「Shopify Plus(ショッピファイ プラス)」
Shopifyには、大企業やBtoB取引、複雑な越境ECを展開する企業向けの最上位プランであるShopify Plusが存在します。
月額料金は2,500ドル(日本円で約325,000円)からと高額になりますが、サーバーの専有化やチェックアウト画面の完全カスタマイズ、専用のサポート体制など、エンタープライズ企業に不可欠な高度な要件を満たすことができる特別なプランです。
Shopifyの決済手数料一覧とクレジットカード手数料

Shopify Paymentsを利用した場合の国内クレジットカード決済手数料
Shopifyが公式に提供している決済サービスである「Shopify Payments」を利用した場合、国内発行のクレジットカード決済手数料はプランによって異なります。
ベーシックプランでは3.25%、スタンダードプランでは3.20%、プレミアムプランでは3.15%となります。初期費用や月額固定費なしで導入できるため、非常に良心的な設定だと言えます。
海外発行のクレジットカードを利用した場合の決済手数料
お客様が海外で発行されたクレジットカードや、アメリカン・エキスプレスを利用して決済を行った場合、国内カードとは異なる手数料率が適用されます。
ベーシックプランで3.90%、スタンダードプランで3.85%、プレミアムプランで3.80%となります。
越境ECに挑戦する際には、この海外カード向けの決済方法と手数料の違いを理解しておくことが重要です。
料金プランごとの決済手数料の違いと比較
これまでに解説した通り、Shopifyでは上位の料金プランになるほど決済手数料が低くなる仕組みになっています。
そのため、売上が大きくなってきたタイミングで月額料金の高い上位プランへ変更したほうが、結果的に支払う決済手数料の総額が減り、利益が手元に残りやすくなります。
プラン比較と手数料のバランスを定期的に見直すことが、賢い店舗運営の秘訣です。
Shopify Paymentsで使えるその他の決済手段(Apple Pay、Google Payなど)
Shopify Paymentsを導入する大きなメリットは、クレジットカード決済だけでなく、Apple PayやGoogle Pay、Shop Payといった便利なエクスプレスチェックアウト決済も同時に使えるようになる点です。
お客様は面倒な情報入力を省略できるため、カゴ落ちを防ぎ、購入率を飛躍的に高める効果が期待できます。
Shopify Paymentsの手数料まとめ
Shopify Paymentsの手数料一覧を把握する際は、
- 国内カード
- 海外カード、アメックス
- 利用するプラン
の三つの軸で整理すると分かりやすいです。
国内カードの場合、3.15%〜3.25%の間で推移し、初期費用や固定費は不要です。
複雑な計算をしなくても、売上にこのパーセンテージを掛け合わせるだけで、大まかなコスト感はすぐに見えてきます。
外部決済(Amazon Pay・KOMOJUなど)の手数料と追加手数料(注意点)

Shopify Paymentsを使わない場合にかかる「外部決済 追加手数料」とは
Shopifyの手数料に関するよくある誤解として、Shopify Paymentsを使わずに外部の決済サービスだけを利用した場合に発生する「追加手数料」の存在があります。
Shopify Paymentsを有効にしていない状態で他の決済方法を使用すると、売上に対してShopify側へ支払う取引手数料が別途発生してしまいます。
この外部決済の追加手数料は見落とされがちなので注意が必要です。
追加手数料(transaction fee)のプラン別パーセンテージ
この外部決済に対する追加手数料(transaction fee)は、契約しているプランによって異なります。
ベーシックプランでは2.0%、スタンダードプランでは1.0%、プレミアムプランでは0.5%が課金されます。
つまり、ベーシックプランで外部決済のみを利用すると、決済代行会社への手数料に加えて、さらにShopifyへ2.0%を支払うことになり、利益を大きく圧迫します。
外部決済を使うとコストがどう変わるか知りたい(具体例)
外部決済を使うとコストがどう変わるか知りたいという方に向けて、具体例でお話しします。例えばベーシックプランで外部の決済代行会社を使い、その決済手数料が3.5%だったとします。ここにShopifyの追加手数料2.0%が乗るため、実質的な決済コストは合計5.5%に跳ね上がります。これが「Shopifyの手数料は高い」と勘違いされてしまう最大の要因です。
AmazonPay 手数料の仕組みと導入コスト
お客様のアマゾンアカウント情報を使って簡単に決済できるAmazon Payは、コンバージョン率向上に非常に効果的です。
Amazon Payの手数料はデジタルコンテンツ以外で3.9%となっており、導入にあたっての初期費用や月額費用はかかりません。
ただし、前述の通りShopify Paymentsを有効にしておかないと、この3.9%に加えてShopifyの追加手数料がかかる点には十分注意してください。
KOMOJU 手数料(コンビニ決済やスマホ決済)やPayPalの費用
クレジットカードを持たない若年層などをターゲットにする場合、KOMOJUなどの決済アプリを導入してコンビニ決済やスマホ決済、PayPayなどを提供することが重要です。
KOMOJUの手数料は決済手段によりますが、おおむね2%後半〜3%台です。
また、海外販売に強いPayPalも決済手数料がかかります。これらを導入する際も、必ずShopify Paymentsと併用する形で設定を行うことが鉄則です。
Shopifyの手数料を安く抑える方法と導入手順(手順)

結論:Shopify Paymentsを導入して追加手数料を無料にする
Shopifyの運用コストを最適化するための最大の結論は、Shopify Paymentsを必ず導入し、メインの決済手段として設定することです。
Shopifyが公式で提供するShopify Paymentsを有効にするだけで、Amazon PayやKOMOJUといった外部決済を利用した際に発生する2.0%〜0.5%の追加手数料が完全に無料になります。
これが決済においてのコストダウンの最も効果的な方法です。
Shopify Paymentsの設定・導入手順(3ステップ)
Shopify Paymentsの設定は非常に簡単で、初心者でも迷うことはありません。
- Shopifyの管理画面から「設定」を開き、「決済」の項目に進む。
- 「Shopify Paymentsのアクティブ化」ボタンをクリックし、事業者の情報や銀行口座の情報を入力する。
- 送信ボタンを押す。 これで設定完了となり、厳しい審査を待つことなくすぐにクレジットカード決済を受け付けることができます。
月額料金を「年間契約(年払い)」にして割引を適用する
月額料金を安く抑えるもう一つの効果的な方法は、支払いサイクルを月払いから「年間契約(年払い)」に変更することです。
年払いにすることで、月額プランの料金が割引されるため、1年間のトータルコストで見ると数万円単位で維持費を削減できることがあります。
資金に余裕がある場合は、最初から年間契約を選択することを強くお勧めします。
売上規模に合わせて最適なプランにアップグレード・ダウングレードする
Shopifyはいつでもプランの変更が可能です。
事業の立ち上げ期はベーシックプランでスモールスタートを切り、月商が上がり決済手数料の負担が大きくなってきた段階でスタンダードプランへアップグレードするというのが王道の手順です。
逆に売上が落ち着いている時期にはダウングレードすることもできるため、自社のフェーズに合わせて柔軟にプランを見直すことが大切です。
不要なアプリを整理してランニングコストをスリム化する手順
ECサイトを長く運営していると、お試しで入れたまま使っていないアプリが溜まっていくことがあります。
月に一度は管理画面のアプリ一覧を見直し、現在活用していない月額課金のアプリはアンインストールする癖をつけましょう。
たったこれだけの手順を定期的に行うことで、見えない維持費を確実にそぎ落とし、利益率を改善させることができます。
失敗例と注意点!Shopifyの手数料に関するよくある詰まりポイント

決済手数料と取引手数料(外部決済 追加手数料)を混同する失敗
またよくある失敗として、決済手数料と取引手数料を混同してしまうケースがあります。
決済会社に支払う手数料のことだけを考えて事業計画を立ててしまい、後からShopifyへの取引手数料(追加手数料)が引かれていることに気づき、利益計画が狂ってしまうというトラブルです。
この二つは全く別物であるという前提をしっかり認識しておいてください。
Shopify Paymentsの審査基準に引っかかり利用できないケース
Shopify Paymentsは非常に便利ですが、販売する商品によっては利用規約に抵触し、審査に落ちて利用できないケースがあります。
例えば、一部のサプリメントや医薬品、年齢制限のある商品などは、Shopify Paymentsの利用が制限されることがあります。
その場合は外部の決済代行会社を使わざるを得ず、結果的に追加手数料を支払うことになるため、事前の規約確認は必須です。
手数料や月額利用料金における消費税(課税・不課税)の理解不足
月額料金や手数料の経理処理において、消費税の扱いを間違えてしまうこともよくある詰まりポイントです。
Shopifyの月額料金には日本の消費税が課税されますが、Shopify Paymentsの決済手数料は不課税取引となるため、消費税はかかりません。
この違いを理解していないと、確定申告や決算の際に手間取ってしまうため、不安な場合は税理士に相談することをおすすめします。
入金サイクルと振込手数料を把握しておらず資金繰りが悪化するケース
売上が立ってから実際に口座にお金が振り込まれるまでの入金サイクルを把握していないと、仕入れの支払いが先行してしまい資金繰りが悪化するリスクがあります。
Shopify Paymentsの場合、日本の口座への入金サイクルは原則として金曜日の売上締めの翌週の金曜日となり、振込手数料は無料です。
他社カートと比べても非常にスピーディですが、キャッシュフローの計画は綿密に立てておく必要があります。
カスタマイズしすぎて見えない維持費(アプリ費用)が膨らむミス
プログラミング知識がなくてもアプリで簡単に機能拡張できるのがShopifyの魅力ですが、あれもこれもと欲張ってカスタマイズしすぎると危険です。
機能を追加するたびに月額数千円のアプリ費用が積み重なり、気づけば上位プランの月額料金よりもアプリの維持費の方が高くなっていたという失敗例は少なくありません。
本当に必要な機能だけを見極める選球眼が求められます。
他サービスと徹底比較!Shopifyの手数料は高い?(業界比較)

小規模事業者向けECカート比較!選び方と判断基準
小規模事業者向けのECカートを選ぶ際、無料から始められる国産カートとShopifyで迷う方は非常に多いです。
判断基準としては、初期のランニングコストを徹底的にゼロに抑えたいのであれば無料カートが適していますが、将来的に本格的なブランド構築や海外展開、売上規模の拡大を見据えているのであれば、拡張性の高いShopifyを選ぶべきです。
ShopifyとBASEの手数料・ランニングコスト比較
ShopifyとBASEの手数料比較をしてみましょう。
BASEのスタンダードプランは月額無料で始められますが、決済手数料とサービス利用料を合わせると一回の取引につき6%以上の手数料と数十円の固定費がかかります。
一方Shopifyのベーシックプランは月額料金がかかるものの、決済手数料は3%台です。売上が月額数万円程度のうちはBASEが有利ですが、一定の売上を超えるとShopifyの方が圧倒的にランニングコストは安くなります。
ShopifyとSTORESの手数料・費用感の比較
STORESとの比較も同様の傾向があります。
STORESのフリープランも月額無料ですが決済手数料は5%です。
STORESの有料プランとShopifyのベーシックプランを比較した場合、月額料金の差と決済手数料の差を計算すると、売上規模が大きくなるにつれてShopifyの低い決済手数料が威力を発揮します。
また、機能のカスタマイズ性という面でもShopifyに分があります。
売上規模別:Shopifyを選ぶべきおすすめパターン
月商が10万円〜20万円をコンスタントに超える見込みがある事業者であれば、最初からShopifyを選ぶことをおすすめします。
月額33ドルの費用を支払っても、低い決済手数料による利益の確保と、高度なマーケティング機能による売上拡大のメリットがコストを上回るからです。
本気でEC事業を成長させたいと考えるなら、Shopifyは最も最適なパートナーとなります。
結局、個人事業主にとってShopifyのコストパフォーマンスはどうなのか
結局のところ、個人事業主の料金としてShopifyが高いのかどうかという疑問に対しては、コストパフォーマンスは最高であると答えます。
月額数千円の投資で、世界中のトップブランドが使っているのと同じ堅牢なサーバーと最先端のECシステムを利用できるからです。
販売手数料がないという強力なメリットを活かせば、利益を次の仕入れや広告費に回す好循環を生み出すことができます。
Shopifyの料金・手数料に関するよくある質問(FAQ)

Shopifyで月額料金以外にかかる費用はありますか?
月額プラン料金以外には、お客様が商品を購入した際にかかる決済手数料が発生します。
また、ご自身の判断で有料のアプリを導入したり、有料のテーマデザインを購入した場合にはその費用がかかります。
さらに、独自ドメインを取得する場合は、年間に数千円程度のドメイン更新費用が必要になります。
Shopifyの入金サイクルはいつですか?
Shopify Paymentsを利用している場合、日本国内の銀行口座への入金サイクルは基本的に毎週金曜日が支払日となります。
売上金から決済手数料が自動的に差し引かれた金額が、指定した口座に無料で振り込まれます。
外部の決済代行会社を利用している場合は、その会社が定めた入金サイクルが適用されるため、個別に確認が必要です。
Shopifyの手数料 シミュレーションをする方法はありますか?
正確な手数料シミュレーションを行いたい場合は、想定される月間の売上金額と客単価をベースに計算します。
ベーシックプランの月額料金を日本円に換算し、想定売上にShopify Paymentsの決済手数料率である3.25%を掛け合わせたものを足し合わせることで、大まかな月間のランニングコストを算出することができます。
月の途中でプランを変更した場合、料金や手数料はどうなりますか?
Shopifyでは、月の途中でプランをアップグレードまたはダウングレードすることが可能です。
その際、月額料金は日割り計算で調整されるため、無駄な支払いが発生することはありません。
売上が急激に伸びた月にすぐ上位プランへ変更して決済手数料を下げるなど、状況に応じた柔軟な対応が取れるのが魅力です。
海外販売(越境EC)を行う場合の手数料はどれくらいですか?
海外のお客様に向けて販売を行う場合、海外発行のクレジットカードで決済されるとベーシックプランで3.90%の決済手数料がかかります。
また、お客様の現地通貨で販売し、売上を日本円に変換して受け取る場合には、少額の両替手数料が発生することがあります。
海外展開を始める前には、これらの為替に関するコストも考慮しておく必要があります。
まとめ:Shopifyの費用内訳を理解して最適なコストで運営しよう
Shopifyの導入費用と維持費(月額料金・決済手数料)のおさらい
ここまで解説してきたように、Shopifyは導入費用が無料で、維持費の基本は月額料金と決済手数料の2つのみという非常にシンプルな構造です。
この費用内訳をしっかり理解しておくことで、思いがけない請求に慌てることなく、安心してECサイトの運営に集中することができます。
Shopifyに販売手数料はない!利益率を高めるカギは決済手段
日本の多くのモール型ECで当然のように引かれる販売手数料がないことは、事業を継続する上で本当に大きなアドバンテージです。
商品が売れれば売れるほど利益が手元に残る仕組みになっているため、利益率を高めるためのカギは、どの決済手段を選ぶかという一点に尽きます。
Shopify Paymentsの活用がコスト削減の最大のポイント
その決済手段選びにおいて最も重要な結論が、Shopify Paymentsを活用することです。
これを導入するだけで、外部決済利用時にかかる痛手となる追加手数料をゼロに防ぐことができます。
特別な理由がない限り、Shopifyでの店舗運営はShopify Paymentsをメインの決済軸として組み立てるのが鉄則です。
自社のフェーズと売上規模に合ったプラン選びをしよう
Shopifyの手数料は高いという誤解は、自社の売上規模に合っていないプランや決済設定をしてしまっていることに起因することがほとんどです。
最初はベーシックプランで小さく始め、成長に合わせて柔軟にプランを最適化していくことで、どのような規模の事業者にとってもコストパフォーマンスの高いプラットフォームとして機能します。
無料トライアルを活用してShopifyの管理画面を触ってみよう
手数料の全体像やコスト感が把握できたら、まずは実際にシステムを触ってみるのが一番です。
Shopifyには無料トライアル期間が用意されているため、リスクなしでストア構築を試すことができます。
どのような機能があり、設定がどれくらい簡単なのかを体感し、ご自身のビジネスを成功に導くための第一歩を踏み出してみてはいかがでしょうか。